人类文明进入动乱的时代，地球笼罩在战火之下，各大主要城市相继沦陷，人类四散而逃，血流成河。虽然星野铁郎（野沢雅子配音）破坏了机械化星球，但是机器人与人类的战争仍在继续，并且人类已经到了生死存亡的危急时刻。正值紧要关头，铁郎得到来自梅蒂尔（池田昌子配音）的信息，要他重新搭乘银河铁道999号。在一众战友的帮助下，铁郎穿过一道道火线，经过几番周折，终于登上了久违的银河铁道999号，重新开始了一段漫长...

　　铃可是一名时空巡逻员，某日，在巡逻之中，她发现战国时代即将发生打乱，于是决定穿越到那个时代，解除危机，没想到在穿越的过程中，铃可竟然遭到了莫名的敌人的攻击，兵荒马乱之中，铃可来到了二十世纪，刚刚好跌落到了男孩野原新之助（矢岛晶子配音）家的庭院之中百日焰火　　铃可附身在了小新所饲养的宠物狗小白的身上，借小白之口向美伢（楢桥美纪配音）和广志（藤原启治配音）说明了事件的前因后果，于是，一家三口跟随着...

　　男孩卡克的父亲是一名童话小说家，善良率真的他因为一篇童话惹恼了邪恶的黑暗皇帝，黑暗皇帝绑架并且囚禁了他。为了救出父亲，卡克踏上了漫漫旅途。黑暗皇帝得知此事，派出了许多爪牙，意在阻挠卡克的行动名侦探柯南吧　　一路上，一匹青色的小马布林克一直不离不弃的跟在卡克的身边，每当卡克遇到了困难举步维艰之时，布林克都会给予卡克勇气和力量。随着时间的推移，卡克离故乡越来越远，离充满了危险和黑暗的目的地越来越近...